En 1147, les Almohades, partisans d'un Islam pur et dur s'emparèrent de l'enceinte de ville, les derniers Almoravides exterminés, la presque totalité des monuments détruits. Les Almohades construisirent de nombreux palais et édifices religieux, comme par exemple, la célèbre mosquée de la Koutoubia construite sur les ruines d'un palais almoravide.
Afin d'alimenter la palmeraie et les grands jardins, un système d'irrigation fut perfectionné. Marrakech, par rayonnement culturel attira de nombreux écrivains et artistes, venus notamment d'Andalousie.
En 1269, Marrakech fut conquise par les nomades mérinides aux dépens des derniers Almohades. Lorsque survient l'avènement de la dynastie Mérinide, Marrakech tomba alors dans une certaine léthargie, et son déclin entraîna la perte de son statut de capitale au profit de sa grande rivale, Fès.
Au début du XVIe siècle, Marrakech redevient la capitale du royaume, atteint rapidement son apogée, en particulier grâce au sultan Saadien, Mohammed El Mahdi. De part la fortune amassée par les sultans, Marrakech fut embellie, les monuments en ruine alors restaurés et de somptueux palais édifiés.
La ville va de nouveau perdre son statut de capitale.
A la fin du XVIIe siècle, l'actuelle dynastie Alaouite succéda aux Saadiens. Le trône est successivement transféré à Fès puis à Meknès, nouvelle ville impériale.
Au début du XXe siècle, Marrakech connaît quelques années de guerres civiles.
En 1912, l'instauration du protectorat français au Maroc met fin à cette anarchie. En 1956, le retour d'exil du roi Mohammed V sera fêté à Marrakech comme dans le reste du pays.
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